Analysis of Relevance and Redundance on Topoisomerase 2b (TOP2B) Binding Sites: A Feature Selection Approach

Abstract

En este estudio empleamos técnicas de aprendizaje automático y selección de atributos para identificar elementos genómicos que determinan la unión de la proteína Topoisomerasa 2b (TOP2B) al genoma. En concreto, hacemos uso de datos de accesibilidad del ADN, arquitectura de la cromatina, marcas epigenéticas, expresión, entre otros. Nuestros modelos predicen los sitios de unión de TOP2B con un 94% de precisión basándose exclusivamente en tres elementos: la accesibilidad del ADN (DNase-seq) y la presencia de proteínas del complejo de cohesina (RAD21 y STAG2). Estos resultados sugieren que la localización de la TOP2B está definida principalmente por la estructura tridimensional y la apertura de la cromatina en las anclas de los bucles de ADN.