T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial Genomes

Martínez García, Pedro Manuel; Ramos, Cayo; Rodríguez Palenzuela, Pablo

Publication:
T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial Genomes

dc.contributor.author	Martínez García, Pedro Manuel
dc.contributor.author	Ramos, Cayo
dc.contributor.author	Rodríguez Palenzuela, Pablo
dc.date.accessioned	2026-02-18T09:49:09Z
dc.date.available	2026-02-18T09:49:09Z
dc.date.issued	2015-04-13
dc.description.abstract	En este trabajo presentamos T346Hunter, una herramienta web diseñada para la identificación y localización automatizada de sistemas de secreción tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS) en genomas bacterianos. Mediante el uso de modelos ocultos de Márkov (HMM) y una base de datos exhaustiva de componentes estructurales, nuestro servidor permite analizar tanto genomas completos como borradores, así como visualizar los clústeres genómicos de forma gráfica e intuitiva. También validamos la eficacia de la herramienta comparando nuestras predicciones con las de otros repositorios especializados. Con esta herramienta, buscamos facilitar a la comunidad científica la identificación de sistemas de secreción en genomas bacterianos de interés, lo que puede resultar de gran ayuda de cara al desarrollo de estrategias de control contra enfermedades bacterianas mediadas por efectores.
dc.description.sponsorship	Universidad Politécnica de Madrid
dc.description.sponsorship	Universidad de Málaga
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.citation	PLoS One . 2015 Apr 13;10(4):e0119317
dc.identifier.doi	10.1371/journal.pone.0119317
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10433/26139
dc.language.iso	en
dc.publisher	PLOS
dc.relation.projectID	info:eu-repo/grantAgreement/MICINN//AGL2011-30343-C02-01/ES/Análisis funcional de factores de virulencia y determinantes del espectro de huésped en Pseudomonas savastanoi/
dc.rights	Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International	en
dc.rights.accessRights	open access
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subject	T3SS
dc.subject	T4SS
dc.subject	T6SS
dc.subject	Bacterial genomes
dc.subject	Prediction
dc.title	T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial Genomes
dc.type	journal article
dc.type.hasVersion	VoR
dspace.entity.type	Publication
relation.isAuthorOfPublication	066f0a79-1caa-4d35-a44d-87e3d3f6e407
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