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T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial Genomes

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2015_t346hunter.pdf (1.27 MB)

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URI: https://hdl.handle.net/10433/26139
DOI: 10.1371/journal.pone.0119317

Publication date

2015-04-13

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Authors

Ramos, Cayo
Rodríguez Palenzuela, Pablo

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Abstract

En este trabajo presentamos T346Hunter, una herramienta web diseñada para la identificación y localización automatizada de sistemas de secreción tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS) en genomas bacterianos. Mediante el uso de modelos ocultos de Márkov (HMM) y una base de datos exhaustiva de componentes estructurales, nuestro servidor permite analizar tanto genomas completos como borradores, así como visualizar los clústeres genómicos de forma gráfica e intuitiva. También validamos la eficacia de la herramienta comparando nuestras predicciones con las de otros repositorios especializados. Con esta herramienta, buscamos facilitar a la comunidad científica la identificación de sistemas de secreción en genomas bacterianos de interés, lo que puede resultar de gran ayuda de cara al desarrollo de estrategias de control contra enfermedades bacterianas mediadas por efectores.

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Description

Keywords

T3SS
T4SS
T6SS
Bacterial genomes
Prediction

Bibliographic reference

PLoS One . 2015 Apr 13;10(4):e0119317

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